Organizačně zajišťuje chod ÚJF. Zahrnuje vědeckého tajemníka, Referát radiační ochrany a bezpečnosti práce, Referát informačních technologií, Referát zahraničních styků, Referát mezinárodní spolupráce, Referát projektů SF (strukturálních fondů) a Referát PaM a osobní agendy.

Provádí teoretický výzkum v jaderné, částicové a matematické fyzice. Je členem Dopplerova institutu pro matematickou fyziku a aplikovanou matematiku, organizuje mezinárodní konference a jeho pracovníci přednáší na českých univerzitách.

Zabývá se vlastnostmi jaderné hmoty v extrémních podmínkách, srážkami relativistických a ultrarelativistických těžkých iontů, měřením hmotnosti neutrina, slabou interakcí v b-rozpadu a jadernými analytickými metodami, zejména neutronovou aktivační analýzou.

Provádí základní výzkum v jaderné astrofyzice a exotických jader, základní a aplikovaný výzkum s generátory rychlých neutronů a aktivace nabitými částicemi. Spolupracuje se SPIRAL2/Ganil a dalšími mezinárodními infrastrukturami.

Provádí základní a aplikovaný výzkum s termálními neutrony na horizontálních kanálech reaktoru LVR-15 a rozvíjí jaderné analytické metody s nabitými částicemi na urychlovači Tandetron 4130 MC. Laboratoř neutronové fyziky (LNF) je součástí infrastruktury CANAM.

Zajištění provozu urychlovačů - cyklotronů U-120M a TR-24, a Mikrotronu MT-25. Vývoj a návrh terčových systémů pro různé druhy experimentů. Simulace dynamických parametrů svazků během akceleračních a extrakčních procesů.

Výzkum účinků nízkých dávek záření, charakterizace přenosu energie ionizujícího záření na molekulární a buněčné úrovni, výzkum kosmického záření na Zemi, na palubách letadel a kosmických lodí, studium projevů antropogenních vlivů v přírodě, radiouhlíkové datování.

Zabývá se přípravou nových radionuklidů pro nukleární medicínu, cyklotronovou přípravou 99mTc, značení monoklonálních protilátek/fragmentů, vývojem mikrofluidních systémů a měřením excitačních funkcí jaderných reakcí na cyklotronu U-120M.

Zajišťuje chod ÚJF po finanční a technické stránce. Zahrnuje Referát rozpočtu, finanční účtárny, a operativně technické evidence, Referát MTZ (materiálně-technického zabezpečení) a investic, Referát technické skupiny.